能用。蚂蚁金服表示，中国香港用户可使用“港版支付宝”AlipayHK，申请个人证明文件可用香港身份证，也能使用港澳通行证。港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务等。
1、办理期限：自受理之日起7个工作日。
2、费用：每次20元，每次30元。
特别注意：如果通行证有效期不到6个月（在某些城市3个月）或没有足够的空白背书页，香港和澳门的新通行证应按照第一个申请程序办理，并同时申请背书。
香港和澳门通自助一体机可为居民提供名片型香港、澳门通行证，提供签约、商务支付、再打印、签约查询等服务。自助过程非常方便，整个过程只需3分钟。
例如，在签约时，公众只需根据系统提示将卡类型香港和澳门传递到卡端口，然后选择需要处理的签名类型，然后选择支付方法－刷卡银联卡或在POS机上手动支付，然后在支付后打印签名。成功。整个过程类似于使用自助购票机购买火车票。
自助一体机还具有标牌查询和标牌强调功能。申请人可以通过自助式一体机查询名片类型香港和澳门的有效标志信息，或者名片类型香港和澳门通行证的标识信息不清楚时，使用自助一体机的标牌重印功能，重印最后的标牌信息（包括故障信息）。
对于出入境接待大厅的其他业务，也可以使用自助一体机刷卡付款，只需扫描收据上的条形码，付款后7天内将收费单与收据一起打印在收费窗口。
但目前只有北京、温州、广州等少数城市推出了综合自助加工机。
人民网-自助办港澳签注3分钟搞定
百度百科-港澳通行证
缴费不可以。支付宝是国内的第三方支付平台，致力于为企业和个人提供“简单、安全、快速、便捷”的支付解决方案。该平台中港澳通行证是固定开启的，不可以关闭，始终以“信任”作为产品和服务的核心。
