以粗壮、肉厚、肥嫩，不霉、不虫蛀、无杂质为优质。有毒蘑菇的颜色比较浓艳，菌伞带有红、紫、黄或其它杂色斑点，基底红色，形状异常，发出辛辣、恶臭和苦味。
蘑菇是不易保存的食物，日子一久便为变黄，而荤伞背后也会变成褐色，如果经过加热，即使略带有褐色，也不必在意，但如果是生吃时，则应选购新鲜的蘑菇，切开之后淋上柠檬或醋，可防止其变色。另外，香蕈、蘑菇野生者要注意是否有毒，如中毒可用生绿豆和水研浓汁饮之遂解。
双孢菇采摘后菌盖容易通过氧化而由白变黄，购买时观察菌盖推测其新鲜程度。
有商贩通过使用硫磺熏蒸等方法为新鲜的双孢菇增白，在购买时需要注意。经常食用经过硫磺熏蒸的食品容易使得食道受伤。
